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《宋史》中写到及至南宋庆元五年八月，“太室西北夹室楹生白芝四叶，前史以白芝为丧祥”，似乎像被命运安排好一样“明年八月，国连有大丧”。灵芝在早期文献记载中的明确考证第1个是从《神农本草经》考证。《神农本草经》是中国现存部完整的药物学著作，它集合了很多医学著作，创作于公元前，总结了汉代以前的所有的药物学知识。第2个是《神农本草经》中将灵芝分为上、中、下三种，《神农本草经》中记载的上品灵芝多达120种，长时间服用能够使身体轻盈，血气充足，进而达到，而中品也有120种，能够治疗疾病，补气养血。下品有125种，能够去除寒气，疏络筋脉，可以作为辅药。总计记载的灵芝有365种。其中上品的灵芝中有不少学名：赤芝、黑芝、青芝、白芝、黄芝、紫芝。《神农本草经》中还对上述的6种灵芝进行了详细描述。与当代的各类医学著作进行比较，我们可以清楚地发现，《神农本草经》对灵芝的药物性质、主要治疗的疾病的描述，相差不大。这与魏朝和晋朝之后的医药专家以严谨的态度看待被神化的芝草有关。其中这6种灵芝的药效在现代医学验证下也已经得到了很明确的验证。因此，所载六芝的药效被古今药物学家不断地验证，《神农本草经》中的六芝与现代医学中的灵芝很相近。

第3个是六芝和灵芝之间的联系，在中国古代“灵芝”一词有很多含义，而《神农本草经》中的六芝只是根据药性进行系统的分类。人们将灵芝当作祥瑞，大概认为它有“灵”，主要是由药性和丰富的象征意象共同决定。一些专家学者将六芝与灵芝进行对比分析得出结论：六芝从根本上说，它的组成只是由赤芝和紫芝。《神农本草经》中记载的黄芝、白芝、青芝、黑芝四芝，在其他古代药物著作中，对它们的记载很少，对它们的记载，第1个是《本草纲目》，书中是这样描述的：黑芝又非常撤且多黄白，稀有黑青者；第2个是《瑞应图》，书中是这样描述的：芝草常以六月生，春青、夏紫、秋白、冬黑。根据现代的药物研究者研究和查找相关药物著作得出：赤芝在成长阶段，初的菌盖是白色或者是黄白色，紫芝的菌盖颜色比较深，接近于黑色。古代医学著作中所记载的黄芝、白芝、青芝、黑芝四芝也可能指的就是赤芝及紫芝。一些药物学家认为，灵芝的主要特征是菌盖的外形像人的肾脏，半圆形或者类似于圆形，表面颜色呈褐黄色或红梅色，有很好的光泽性，还具有菌柄。菌肉的上半部分的颜色较浅，下半部分较深，与许多医学著作所记载赤芝很相似，因此赤芝这一类灵芝可以作为灵芝的代表的说法是很有权威性的，推测古代医学著作中的灵芝就是赤芝。