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第3个是六芝和灵芝之间的联系，在中国古代“灵芝”一词有很多含义，而《神农本草经》中的六芝只是根据药性进行系统的分类。人们将灵芝当作祥瑞，大概认为它有“灵”，主要是由药性和丰富的象征意象共同决定。一些专家学者将六芝与灵芝进行对比分析得出结论：六芝从根本上说，它的组成只是由赤芝和紫芝。《神农本草经》中记载的黄芝、白芝、青芝、黑芝四芝，在其他古代药物著作中，对它们的记载很少，对它们的记载，第1个是《本草纲目》，书中是这样描述的：黑芝又非常撤且多黄白，稀有黑青者；第2个是《瑞应图》，书中是这样描述的：芝草常以六月生，春青、夏紫、秋白、冬黑。根据现代的药物研究者研究和查找相关药物著作得出：赤芝在成长阶段，初的菌盖是白色或者是黄白色，紫芝的菌盖颜色比较深，接近于黑色。古代医学著作中所记载的黄芝、白芝、青芝、黑芝四芝也可能指的就是赤芝及紫芝。一些药物学家认为，灵芝的主要特征是菌盖的外形像人的肾脏，半圆形或者类似于圆形，表面颜色呈褐黄色或红梅色，有很好的光泽性，还具有菌柄。菌肉的上半部分的颜色较浅，下半部分较深，与许多医学著作所记载赤芝很相似，因此赤芝这一类灵芝可以作为灵芝的代表的说法是很有权威性的，推测古代医学著作中的灵芝就是赤芝。